应用场景
兰州大学是教育部直属全国重点综合性大学,兰州大学超算中心拥有1.2P的高性能计算平台,为学校师生开展高水平科研提供计算支撑。针对学校拥有开展大规模分子动力学、气象学和生命科学模拟需求的群体,本团队基于华为鲲鹏全栈软硬件,移植优化生命、气象、分子动力学三大应用领域的 GROMACS、CP2K、NEMO 等12款软件。利用开放原子开源基金会的openEuler操作系统、毕昇编译器、以及鲲鹏开发套件中的Hyper MPI 通信库以及 KML 数学库,充分展示了这些应用软件在ARM 架构体系下的计算性能,旨在为生命、医学、气象领域国产化的鲲鹏全栈计算架构提供自主可控的解决方案。
现阶段,本团队基于鲲鹏高性能计算集群及openEuler操作系统,实现分子动力学、气象学和生命科学软件向鲲鹏集群的迁移和优化。后续,我们也将通过开源社区继续扩展相关开源项目。
解决方案
操作系统版本:openEuler 21.03
本方案分子动力学模块基于鲲鹏软硬件平台如鲲鹏920平台、DevKit 迁移调优套件及openEuler毕昇编译器等对分子动力学应用软件 GROMACS,LAMMPS,CP2K,QE 完成迁移和优化。
本方案生命科学模块对生命科学学重要应用 BUSCO、Falcon、HMMER、RepeatMasker、Trimmomatic 完成从 x86 平台到鲲鹏 ARM 平台的迁移优化,获得了更好的可拓展性和计算效率的提升。
本方案气象学模块结合鲲鹏 HPC +openEuler 软硬件平台对气象学重要应用 WRF、CESM、NEMO 完成迁移适配,结合鲲鹏优化技术获得更高的计算效率,相比原有 x86 平台,提供更好的计算性能。
客户价值
实现openEuler+鲲鹏高性能计算集群部署,助力高校科研创新及人才培养,可以为用户提供多元化算力服务。
完成了openEuler+鲲鹏架构在HPC气象、生命等领域的生态应用,相较于原X86架构计算性能有较大提升。